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【スパコン】理研ら、1PFLOPSの分子動力学専用コンピュータ「MDGRAPE-3」を開発

1 :まぁいいかφ ★:2006/06/19(月) 20:24:18 ID:???
 独立行政法人理化学研究所(理研)は19日、インテル株式会社および日本SGI株式会社と協力し、
理論ピーク性能1PFLOPS(Peta FLOPS)を実現する分子動力学シミュレーション専用システム
「MDGRAPE-3」を構築したと発表した。

 MDGRAPE-3は、理研が開発した同名の分子動力学シミュレーション専用LSIを4,808個搭載した
システムに、デュアルコアXeonを256個搭載したサーバーを64台、Xeon 3.2GHzを74個搭載した
サーバーを37台接続したもの。

 同システムでは、スーパーコンピュータ性能ランキング「TOP500」で用いられるベンチマーク
Linpackを実行できないため直接比較できないが、理論ピーク性能は1PFLOPSに達し、TOP500で
現在1位のIBM BlueGene/L(360TFLOPS)の約3倍に相当する性能だとしている。

 MDGRAPE-3は、タンパク質の働きをシミュレーションし、病気を引き起こす仕組みの解明などに
利用される。

 なお、同システムは、6月24日に開催される理研横浜研究所の一般公開で披露される。

ソース:PC Watch
http://pc.watch.impress.co.jp/docs/2006/0619/riken.htm

プレスリリース(理研):
http://www.riken.jp/r-world/info/release/press/2006/060619/index.html

72 :名無しのひみつ:2006/06/23(金) 20:09:07 ID:UrGgwpTG
caspに出ろ
http://predictioncenter.org/

73 :名無しのひみつ:2006/06/23(金) 21:44:21 ID:s2zQ0+7b
つるぺタコンピュータ

74 :名無しのひみつ:2006/06/24(土) 15:39:55 ID:LBQqpPL1
MD専用にして設備投資を惜まない業界を狙いにしたのはうまい選択。
ニーズがなければ単に作りましたで終わる。
オーバークロッカーの自己満足みたいに。





75 :名無しのひみつ:2006/06/24(土) 17:30:41 ID:0tIIiQ/i
>>74
いまどきそんなんに予算でないよ。


76 :名無しのひみつ:2006/06/24(土) 18:09:02 ID:PrzhyMXL
ニッチすぎて売れないだろ。しかも、創薬分野での実用性はまだ未知数だし。

77 :名無しのひみつ:2006/06/24(土) 18:15:44 ID:KXFS9DyS
数年後、汎用機のグリッドで簡単にパフォ出せたりしてね。


78 :名無しのひみつ:2006/06/24(土) 21:09:37 ID:X49gXWBZ
ベンチおたくのプロ版にすぎない
意味のある結果を出してからこい

79 :名無しのひみつ:2006/06/25(日) 00:53:00 ID:09XqtJ8k
スゲェな

80 :名無しのひみつ:2006/06/25(日) 00:58:35 ID:XNRVeja5
>>1
>同システムでは、スーパーコンピュータ性能ランキング「TOP500」で用いられるベンチマーク
>Linpackを実行できないため直接比較できないが、
アホが。
Linpackごとき、1CPUでも実行できる。
単に直接比較したら結果がぼろぼろだからやらなかっただけのことじゃないか。

>理論ピーク性能は1PFLOPSに達し、TOP500で
>現在1位のIBM BlueGene/L(360TFLOPS)の約3倍に相当する性能だとしている。
ここで言う理論ピーク性能は単純に台数比例だから、インターネットで何百万台もPCつなげば
「理論ピーク性能」でよければ、もっとでる。

>MDGRAPE-3は、タンパク質の働きをシミュレーションし、病気を引き起こす仕組みの解明などに
>利用される。
パソコンただ並べただけのほうが何十倍も安く同じことできるわけだがな。



81 :名無しのひみつ:2006/06/25(日) 01:12:59 ID:+Ctu7P5h
以下、>>80が税金の無駄だと力説いたします。

82 :名無しのひみつ:2006/06/25(日) 02:13:17 ID:SMi9oUvV
どう見ても釣りです

83 :名無しのひみつ:2006/06/25(日) 04:15:40 ID:QORug2OS
要はビデオカードみたいなもん?

84 :名無しのひみつ:2006/06/25(日) 10:59:43 ID:+NPVQ0vc
東大の宇宙地図作ってる奴ワンフロアで70テラ超すけどあまり話題にならないね。

85 :名無しのひみつ:2006/06/25(日) 17:53:21 ID:aTyivRTc
>>80
これはひどい。

86 :名無しのひみつ:2006/06/25(日) 23:54:43 ID:6sIn91mw
1pFLOPSじゃないのか・・・

87 :名無しのひみつ:2006/06/26(月) 00:26:03 ID:45D3BD6z
で、うちの1000メガヘルツサンダーバードアスロンは何FLOPSなの?


88 :名無しのひみつ:2006/06/26(月) 00:33:22 ID:4R6vBYM4
中国人民全員にそろばんを持たせ、
合図と同時に2つの数字の足し算を行い、
「ピーク性能は、13億回/秒の演算能力」
みたいなもの?

89 :名無しのひみつ:2006/06/26(月) 02:22:41 ID:D3RegsN5
基礎研究分野の数値解析屋はカスばっかり

90 :名無しのひみつ:2006/06/26(月) 04:41:15 ID:voNsJJr5
>>87
0.00000001ぺた

91 :名無しのひみつ:2006/06/26(月) 14:40:37 ID:xXlogGwX
>>80
夏休みにはまだ早いと思っていたが

92 :名無しのひみつ:2006/06/28(水) 08:22:58 ID:I8BlWo0F
>>80
レイテンシって、知ってる?
つかネタニマジレスカコワルイ

93 :名無しのひみつ:2006/06/28(水) 08:23:48 ID:I8BlWo0F
>>87
2GFLOPS

94 :名無しのひみつ:2006/06/29(木) 04:19:49 ID:6pPMrD6M
compound libraryで負け気味な日本製薬業界の切り札になる…のか?
MDじゃなくてDFTやab initio専用プロセッサも開発きぼんぬ。

95 :名無しのひみつ:2006/06/29(木) 10:56:54 ID:ZhU+e2EW
なったらいいね

96 :名無しのひみつ:2006/06/29(木) 11:06:17 ID:woccAcsa
もう一つの問題を計算するたびに専用計算機を作成汁!人口動態解析計算機とかね。これさえあれば少子化問題はすべて解決します。猪口アホだから信用するぞ。


97 :名無しのひみつ:2006/06/30(金) 00:30:54 ID:/C0vNQgD


ps3のcpux4096個のほうが早いんじゃない

98 :名無しのひみつ:2006/06/30(金) 16:55:31 ID:KOvyb1O2
オセロ専用プロセッサとか大学院生の博士論文の研究あたりで作らないかな。
8×8で白、黒、石なしの3状態を保持する8x8が1本のレジスタ。
60本のレジスタをスタック状に使用。
石を指定の場所に置いて隣接する石を反転する所まで1命令/1クロックで行う。
なんかオセロ(8×8)は完全解明されそうなのにまだ解かれていなくて気持ち悪い。

99 :名無しのひみつ:2006/07/01(土) 03:41:54 ID:VzTpjI2P
>>75
この業界は負け組みばかり?

100 :名無しのひみつ:2006/07/01(土) 17:02:39 ID:PQ4dWJY2
まぁ、この開発費ならノウハウ代金としても破格だから、
売れなくても痛くないしね。

世界初とか世界最高ってのは営業がバカだとなかなか売れないものだ。

101 :名無しのひみつ:2006/07/02(日) 03:22:09 ID:F2Ubrh+z
これ使ってトリップ解析やったら・・・とか考えてしまう

102 :名無しのひみつ:2006/07/03(月) 00:54:10 ID:rp86OUAP
トリップ解析専用CPUか。
暗号解読のコンテストで、ドイツのチームだかが専用ハード使って解析して1位とってたな。

そろそろ2ちゃんのトリップも、桁を増やさないと危ないんじゃね?

103 :名無しのひみつ:2006/07/03(月) 14:09:48 ID:6E61gq/3
>>96
FPGA使って問題ごとにロジックを動的に書き換えられるGRAPEも
理研で作ってるけどね

104 :名無しのひみつ:2006/08/13(日) 11:07:38 ID:nkbiA+kb
ミサイルを打ち落とすためのミサイルを制御するためには、小型のトラックに
搭載できて、小型の発電機の電力で動くような計算機でなければ困る。

105 :名無しのひみつ:2006/08/13(日) 20:37:35 ID:FTN1/cV1
>>103
一号機だけじゃないかな

106 :名無しのひみつ:2006/08/13(日) 21:08:36 ID:xYiniPp6
デュアルコアXeonを256個搭載したサーバーを64台、Xeon 3.2GHzを74個搭載した
サーバーを37台接続したもの。

なんかヨドバシで作れそうじゃね?
COREDUO2でやろうぜ。

107 :名無しのひみつ:2006/08/14(月) 04:58:58 ID:qUo219Pq
足跡ペタ

108 :名無しのひみつ:2006/08/14(月) 16:39:28 ID:ESGIa6/u
いくら計算能力を与えても
ダメなヤツは何をやってもダメ

109 :名無しのひみつ:2006/08/14(月) 20:52:20 ID:b9eLBKqC
分子動力学の計算は距離を求め、電荷を距離の二乗で割って合算する
という話なのかな、銀河のシュミレーションと較べると桁違いに数が
少なくて直ぐ終わりそうだが?
周りの水の分子も影響するとなると大変だが。


110 :名無しのひみつ:2006/08/14(月) 21:29:07 ID:E0Ay04Kn
>>109
当然水分子も計算する。
あと、分子間力も必要。

111 :名無しのひみつ:2006/08/15(火) 20:13:07 ID:kRjEM2Wq
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112 :名無しのひみつ:2006/08/18(金) 14:48:01 ID:kP+j5o3K
intelなんか使わないで日本製CPUを使おうよ



113 :名無しさん@お腹いっぱい。:2006/08/18(金) 19:13:52 ID:d3tqobxB
>>112 今純粋に国産で売れているというとSH系ぐらいか、
あとはNECのスパコンぐらいしかないのでは。
NECのスパコンはアメリカが保護してくれたので生き残っている。

114 :名無しのひみつ:2006/08/18(金) 20:01:43 ID:dveXg5PG ?2BP(0)
efficeonって国産になる?
あきる野の富士通で製造されてるらしいけど

115 :名無しのひみつ:2006/08/18(金) 21:01:09 ID:enbBSDQP
>>113
保護?圧力の間違いでは?

116 :名無しのひみつ:2006/08/19(土) 02:48:16 ID:faWAyXkR
【赤外線】スケスケ暗視ビデオカメラ再販(防犯用)サムスン【陰毛激撮】
http://news18.2ch.net/test/read.cgi/editorial/1155790173/ (画像有)

117 :名無しのひみつ:2006/08/19(土) 04:10:15 ID:vbJwoNKB
おおお!!
MDがスレになるのか!
いちMD屋として、すこしびくり。

118 : ◆Jamaica.2k :2006/08/19(土) 11:46:23 ID:pkGiOp2p
>>117
すんません、マキーノたん萌えの自作板住人
かつSETI@home参加者だったもんで(w

119 :名無しのひみつ:2006/08/20(日) 00:48:23 ID:Yi6+g45z
CPUが百万個の単位で使われる超並列計算機でなら、独自CPUを設計しても
元が取れる可能性があるのにな。どうせ普通の商用バイナリ−が必要な
わけじゃないしさ。

120 :名無しのひみつ:2006/08/30(水) 11:26:38 ID:MgLLTF4S
この箱は、一般人にすれば足し算、割り算と言う様な単純な計算をしている事だろ?
この専用箱の場合物理計算専用で、距離と分子間力という通常の石っころだと、
あまり使わないから別の計算式を多用して計算させたのを、
専用計算回路を作って特化させて速度を出したと言う事か。

しかしな、、様はニッチな世界のパーツの集合体だから、今はビジネス的に人気無いけど
最近PS3やPCに搭載して物理演算をさせるチップが売られるようになってきたな。
米やイスラエルの天才が更に高能率の物理演算チップを開発して安価に出回らせたら
直ぐに外国製で占められそうだな。

たとえるなら専用大型機を使って可能だったリアルタイム3D画像が雨後の竹の子のように
色々なメーカーから3Dグラフィック専用チップが売り出されてPCでも手軽に3Dと。

同じ開発するなら、将来物理演算チップメーカーにライセンスを売れるように
アルゴリズムや基礎研究の方を充実させた方が良さそうだな、このままじゃ負けるのは確実だから。

121 :名無しのひみつ:2006/08/30(水) 11:28:42 ID:MgLLTF4S
誤 最近PS3やPCに搭載して物理演算をさせるチップが売られるようになってきたな。
正 最近PS3やPCに搭載して物理演算をさせるチップが売られる様になってきたから

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